Vc tem o Main Deck, que é o seu principal. O Side Deck é uma extensão do Main Deck, onde você tem 15 cartas a mais para mudar sua estratégia. Somente vai ser usado em um Match Game (melhor de três).
Em um campeonato com o formato Match, você duela o primeiro duelo normalmente, e apartir da segunda partida de um Match, você pode mudar cartas do Main Deck, utilizando as cartas do Side Deck.
Porém, o Side Deck tem que ficar com a mesma quantidade de cartas que ele estava antes de você utiliza-lo, ou seja, você vai trocar cartas do Main Deck por cartas do Side Deck.
Ex: Você tem 40 cartas no Main, vai usar o Side Deck que tem 15. Se você colocar duas cartas do Side Deck no Main Deck, duas cartas do Main Deck terão de ir ao Side Deck.